La cinta tiene como tema principal el fenómeno del acoso escolar en los colegios de la región.
Para que ocurra debe haber un sujeto acosador, una víctima y un conflicto de fuerzas.
Para llegar de mejor manera a los jóvenes, Fabrizio Copano, comediante y guionista chileno, escribió el guion para Súper Niño Bully con el apoyo del director de cine chileno Nicolás López, quien es conocido por su filme juvenil Promedio rojo, también basado en la historia de un adolescente escolar.
La historia se trata de un adolescente llamado Diego, apodado "iPod" (Fabrizio Copano) que es maltratado por tres alumnos de su colegio (entre ellos Ariel Levy), quienes lo hostigan, le quitan su iPod (por eso el apodo) y graban un video que posteriormente suben a un sitio web que parodia a YouTube.
Su padre (Marcial Tagle, Casado con Hijos), quien es culpable de violencia intrafamiliar, ve el video y, en vez de apoyar a su hijo se burla de él; su madre (Jenny Cavallo, Cabra Chica Gritona) es alcohólica para evadir su fuerte depresión.