Sloane en última instancia fue devuelto a APO como el subdirector, aunque en realidad era un agente doble que trabajaba para Profeta Cinco, una organización criminal que también fingió ser la CIA para reclutar a nuevos agentes.
Permitieron a Sloane volver a APO para usar sus recursos y conocimiento y así poder encontrar una cura para Nadia Santos, su hija, después de lo ocurrido al final de la cuarta temporada.
Los primeros agentes reclutados: Nadia Santos se une a APO poco más tarde.
Eric Weiss también se hizo un miembro después de que en una misión para la CIA su camino se cruza con Sydney y Vaughn durante una misión de APO.
APO fue destruido por una bomba colocada en el metro por Julian Sark, bajo órdenes de Sloane.