Jack reaccionó negativamente a las explicaciones de Sydney en las que decía trabajar para un banco llamado Crédito Dauphine, la empresa tapadera del SD-6.Jack más tarde reveló a Sydney que él había reconocido su potencial, pero quería mantenerla lejos de esta vida.Jack usaba su posición como el Director de operaciones del SD-6 para estructurar las misiones dando ventaja a la CIA.Durante la tercera temporada, Jack estará más unido a Sydney aunque siempre guardando secretos.Al final de la temporada Sloane dispara a Jack en el pecho, haciendo que Sydney le regrese 7 disparos.Finalmente la última vez que vimos a Jack fue hablando con Sloane y activando una carga de C4.
