San Fernando fue fundado en el año 1872 bajo el nombre de Pai, probablemente debido a una pila existente cerca del área urbana actual.
San Fernando fue fundado en 1872 por el padre Francisco Rafael Fernandes y tiene como patrona a Nuestra Señora del Patrocicio.
Hay dos hipótesis sobre el origen del nombre San Fernando, que ha sustituido el Pascual: una afirma que este nombre proviene de la familia de su fundadora, "Fátima", y la otra dice que fue un homenaje a San Fernando, el fundador de la ciudad.
La vegetación predominante en el municipio es el Hipoxerófila, o sabana arbustiva de Caatinga.
Según el Plan Nacional para combatir la Desertización, San Fernando se encuentra en riesgo grave de desertización, del mismo modo que toda la región en que se sitúa.