Rwandair Express fue fundada en 2003 tras la unión entre el Gobierno de Ruanda (77%) y Silverback Cargo Freighters (23%).

Sin embargo, mientras efectuaba un vuelo a los Países Bajos para Acvila Air (Rumanía), el avión fue paralizado.

Esto fue debido a los diversos problemas técnicos con el resultado de que Acvila Air y JetAfrica no fuesen admitidas en territorio holandés.

Rwandair Express reemplazó el avión con un MD-82 (YR-MDL) alquilado de Acvila Air.

Rwandair Express ha perdido el acuerdo de código compartido con Kenya Airways en la ruta Nairobi/Kigali.