En 2007, Rustam Emomali cofundó el club de fútbol Istiklol con sede en Dushanbe y, durante los siguientes años, se desempeñó como capitán del club y jugó como delantero.

[10]​ El club ha ganado cinco campeonatos nacionales consecutivos desde 2011, debido al menos en parte a un arbitraje muy favorable y otras preferencias.

[13]​ En enero de 2012, TFT nombró a Rustam Emomali su nuevo presidente.

[14]​ Tras el nombramiento, dejó de jugar en el FC Istiklol y prometió cortar todos los lazos con el club.

[15]​ En 2016, la TFT reeligió a Rustam Emomali como su presidente por otros cuatro años.

[19]​[24]​ Poco después del nombramiento, se le otorgó el rango de mayor.

[6]​ En marzo de 2015, el presidente Emomali Rahmon nombró a su hijo para dirigir la principal agencia anticorrupción de Tayikistán, la Agencia Estatal para el Control Financiero y Medidas contra la Corrupción.

[27]​ En enero de 2017, Rustam Emomali fue nombrado alcalde de Dusambé, un cargo clave que algunos analistas consideran el siguiente paso hacia la cima del gobierno.