Pérez ha compuesto y producido música para artistas como Beyoncé, Fernando Allende, Christina Aguilera, José Feliciano, Julio Iglesias, Claudia de Colombia, Luis Miguel, Raúl di Blasio, Jaci Velásquez, Cristian Castro, Michael Bolton, Grupo Bronco, Alejandro Sanz, Luis Fonsi, Marc Anthony, Jennifer López, y Jon Secada.

Cuando Rudy Pérez tenía 9 años, su familia emigró desde Pinar del Río (Cuba) a Miami (Estados Unidos).

[2]​[9]​ Él quería comprarse una guitarra eléctrica, pero como sus padres no podían pagarla,[2]​[7]​ a los doce años Pérez encontró trabajo en una compañía que fabricaba alambre de púas y que utilizaba trabajo infantil.

Rudy permaneció en la banda por cinco años hasta que renunció para producir y escribir para artistas locales en Miami.

En 1983 comenzó a trabajar como pasante en Climax Studios de Pablo Cano, en North Miami, donde también se le permitió vivir por un año y medio.

Ella le mostró la balada a Cano, quien decidió contratarlo con «un buen sueldo» para realizar un álbum con él.

Durante este tiempo comenzó a trabajar con otros artistas que conoció en el estudio, tales como Roberto Carlos y Gloria Estefan, y continuó estudiando música Después, Pérez lanzó el álbum ¿Qué voy a hacer sin ti?.

[10]​ Ese mismo año (1993), la empresa discográfica EMI lo contrató para trabajar en la producción del álbum Aries, de Luis Miguel, lo cual implicaba firmar un contrato de exclusividad que le impedía producir para otros hasta 1997.

Al año siguiente (1994) ganó otro Grammy como productor y compositor del álbum de Luis Miguel.

«Después de ti, ¿qué?» fue una canción que dedicó a su difunta madre, y el tema fue un gran éxito del cual se filmó un videoclip en el cual aparecía Rudy Pérez con Cristian Castro y Raúl di Blasio.

En 1999 obtuvo un premio Ace al álbum del año por Señor bolero, de José Feliciano.

Pérez también escribió la canción «I wanna hear you say it» para Michael Bolton.

También trabajó en canciones en inglés para Charlie Williams («If you should leave me») y Julia Kova («Don’t go for anything but love»).

En 2002, la canción que produjo para Pilar Montenegro, «Quítame ese hombre», alcanzó el número 1, donde permaneció durante 13 semanas consecutivas.

En 1992 fue contratado por Disney para la preproducción de la canción Colors of the Wind, para el film animado, Pocahontas.