En 1990, fundó el Observatorio de la Escuela de las Américas (SOA Watch), cuyo objetivo es cerrar la Escuela, que desde 2001 se llama "Instituto del Hemisferio Occidental para la Cooperación en Seguridad" (WHINSEC).

Tal objetivo lo busca SOA Watch a través de la protesta pacífica.

[3]​ Por su compromiso con los derechos humanos, Roy Bourgeois ha pasado desde 1980 cuatro años en cárceles de su país.

[5]​ Bourgeois respondió con una carta en la cual ratificó su rechazo al "pecado del machismo en la Iglesia".

[6]​ El 3 de diciembre siguiente el editorial del National Catholic Reporter expresó su apoyo a Bourgeois y a la campaña por la ordenación de las mujeres.