Tres años después, en 1994 fue por segunda vez diputada federal, en esta ocasión a la LVI Legislatura por el Distrito 27 del Distrito Federal.

Tras ello, se postuló para buscar la dirigencia del PRI en el Distrito Federal.

[1]​ También ocupó el cargo de secretaria de Finanzas y Administración del PRI en el Distrito Federal, y de 2009 a 2012 fue diputada federal suplente, siendo diputado propietario Armando Jesús Báez Pinal, pero nunca llegó a ejercer la diputación en propiedad.

[2]​ Tanto Guerra como Vargas se acusaron mutuamente de las agresiones.

[3]​[4]​ Tras estos hechos, y acusando a la dirigencia del PRI de haber intervenido en la agresión que había sufrido, renunció a su militancia en el PRI en 2012 y fue postulada candidata del Partido Nueva Alianza a jefa de gobierno del Distrito Federal en las elecciones de ese año,[5]​ y en las que quedó en cuarto lugar de los resultados electorales.