Jugó como portero y su último club fue el Borussia Dortmund de la Bundesliga.
FC Kaiserslautern, desde donde pasó en el año 2002 a las filas del Borussia Dortmund.
Para la temporada 2000-01, fue promovido al primer equipo, con el que solo jugó en seis ocasiones en un lapso de dos años.
[1] En 2002, Weidenfeller quedó libre y fue fichado por el Borussia Dortmund para suplir la inminente baja de Jens Lehmann, quien se iría al Arsenal un año más tarde.
[3] A principios de la temporada 2007-08, fue sancionado con tres partidos y multado con € 10 000 por "insultos racistas" contra el goleador del Schalke 04, Gerald Asamoah.
Luego de ello, el arquero habría ofrecido disculpas a Asamoah.