Aprovechando su linaje aristocrático, prestó servicios en la diplomacia tras la muerte del rey José I de Portugal en 1777 siendo enviado como ministro extraordinario y plenipotenciario a la corte del Reino de Cerdeña, en Turín, el año 1779.

De 1801 a 1803 se desempeñó como presidente del Erario Real, pero sus discrepancias con el rey Juan VI le forzaron al retiro de los cargos públicos.

En esta nueva y complicada etapa, Sousa Coutinho promovió ante el monarca la idea que Portugal mantenga su antigua alianza con Gran Bretaña y rechazara las pretensiones de la Francia napoleónica, entendiendo que la corte portuguesa podía y debía trasladarse a Brasil en caso de emergencia, pero no sujetarse a las ruinosas exigencias francesas.

Tales planes expansionistas fueron rechazados por el Gobierno británico de George Canning para no dañar la alianza hispano-británica contra Francia durante las guerras napoleónicas.

Tras fallar estos proyectos, Sousa Coutinho luchó para que las convulsiones políticas surgidas por la independencia de la Argentina no afectasen el dominio portugués sobre Brasil y que las Provincias Unidas del Río de la Plata no cuestionaran los viejos límites territoriales fijados por España y Portugal para sus colonias sudamericanas en el siglo xviii, alentando en paralelo el conservadurismo político entre los independentistas argentinos.