Rodrigo Souza empezó su carrera futbolística en las categorías inferiores del Madureira EC.
Rodrigo Souza no tuvo muchas oportunidades de jugar y el club decidió cederlo al SC Internacional, donde gana el Campeonato Gaúcho.
Souza fue un jugador clave esa temporada, ya que se convirtió en el máximo goleador de la Serie A brasileña.
En 2007 ficha por el Flamengo, que pagó al Marítimo 1,8 millones de euros para poder quedárselo en propiedad.
Con las categorías inferiores Brasil ha consuitado dos títulos: una Copa Mundial de Fútbol Sub-17 y un Campeonato Sudamericano Sub-17 (además en este torneo fue el máximo goleador).