Escribió más de 600 artículos científicos sobre ornitólogia y varios libros, como Aves oceánicas de América del Sur y Ballenero bergatín Daisy.

Dirigió la expedición que redescubrió el Petrel de las Bermudas y participó en varias expediciones al Atlántico Sur.

El Distrito Escolar de Central Village fue renombrado Robert Cushman Murphy Junior High School en su honor, al igual que los Picos Murphy, ubicados en las Islas Georgias del Sur.

Entre 1912 y 1913 escribió Ballenero bergatín Daisy y en 1936 publicó Aves oceánicas de América del Sur.

Después de retirarse y mudarse a Old Field en Nueva York, en 1957, junto con otros ciudadanos de Long Island, incluyendo a Archibald Roosevelt, inició una demanda para detener el uso del DDT.