La organización comenzó cuando las fuerzas nacionalistas panárabes lideradas por Abdul Salam Arif y el Partido Ba'ath pidieron la unificación inmediata con la República Árabe Unida (RAU).

[5]​ También puede ser culpable un desacuerdo cada vez más contundente con el mariscal de campo Abdul Salam Arif, que estaba bajo arresto domiciliario.

Qasim también hizo declaraciones en las que reiteraba su apoyo al general sirio Abdel-Karim y al coronel Alnhlaoi Mowaffaq Asasa, con miras a ejecutar un golpe para dividir Siria, que luego se unió a Egipto como parte de la República Árabe Unida.

Se desarrolló una amarga lucha de dos días con intensos enfrentamientos entre los conspiradores baazistas y las fuerzas pro-Qasim.

Los simpatizantes comunistas tomaron las calles para resistir el golpe, lo que se sumó a la gran cantidad de bajas.

[15]​ También se cree ampliamente que la CIA proporcionó al nuevo gobierno listas de comunistas y otros izquierdistas, que luego fueron arrestados o asesinados por la milicia del Partido Baaz: la Guardia Nacional.

Se llevaron a cabo numerosas reuniones entre el partido Baaz y la inteligencia estadounidense, la más importante en Kuwait.

[16]​[17]​Según Hanna Batatu, sin embargo, "los baazistas tuvieron amplia oportunidad de recopilar tales detalles en 1958-1959, cuando los comunistas salieron completamente a la luz, y antes, durante los años del Frente de Unidad Nacional — 1957-1958 — cuando tenía tratos frecuentes con ellos en todos los niveles".

Los enumerados incluían comerciantes, estudiantes, miembros de sociedades profesionales y periodistas, aunque los profesores universitarios constituían el grupo más grande".

Shibib contó posteriormente que el incidente dañó las relaciones de Irak con Estados Unidos y la Unión Soviética: "Por un lado, Irak perdería a los soviéticos como fuente de inteligencia.

Un Consejo del Mando Nacional Revolucionario tomó el control y se asignó el poder legislativo; nombró a Salah al-Din al-Bitar como jefe de un gobierno de "frente nacional".

Como señala Batatu, esto tuvo lugar sin que se hubiera resuelto el desacuerdo fundamental sobre la reunificación inmediata o "considerada".

El Baaz se movió para consolidar su poder dentro del nuevo gobierno, purgando a los oficiales nasseristas en abril.

Los disturbios posteriores llevaron a la caída del gobierno de al-Bitar y, como consecuencia del fallido golpe nasserista de Jasim Alwan en julio, el Baaz monopolizó el poder.