En general, todos los accesos actuales a la Reserva son muy difíciles, y sus estados dependen también del período de lluvias, que pueden llegar hasta imposibilitar la entrada durante la estación invernal (de enero a junio).Algunos árboles comunes fueron Virola dixonii, Quararibea soegenii, Coussapoa eggersi y Symphonia globulifera.En 1991 aún existían importantes remanentes de bosque con grandes árboles maderables, pero la deforestación, aunque todavía era incipiente, ya estaba en pleno desarrollo.Entre la fauna registrada en Bilsa también se incluyen varios mamíferos grandes y actualmente raros en el occidente del Ecuador, como el jaguar (Panthera onca), el oso hormiguero gigante (Myrmecophaga tridactyla), el capuchino de frente blanca (Cebus albifrons) y el mono aullador negro (Alouatta palliata), que es frecuente en la Reserva.Aunque los bosques son bastante húmedos, también hay algunas especies endémicas de Tumbes, como el busardo dorsigrís (Leucopternis occidentalis).
El jaguar (
Panthera onca
), un felino raramente encontrado en la Reserva.
