Aufhauser empezó su carrera futbolística en equipos de su país, el ASK Voitsberg y el SV Austria Salzburg, donde jugó durante cuatro temporadas antes de fichar por el Grazer AK.

Ganó la Bundesliga en 2004, el cual fue el primer título liguero en la historia del club.

Con este club se proclamó campeón de Liga en 2007, 2009 y 2010.

Tras pasar dos años y medio en el LASK Linz volvió a Salzburgo para jugar en el equipo filial.

Participó como titular en los tres partidos que su equipo disputó en ese campeonato.