A pesar de que los Estados Generales permitieron por edicto ambas corrientes y prohibían más discusiones, el conflicto continuó.
Las decisiones del sínodo fueron reforzadas por la deposición y en algunos casos el destierro de los pastores remonstrantes.
En 1621 ya habían recibido el permiso para asentarse en Schleswig, donde construyeron la ciudad de Friedrichstadt, colonia que todavía existe.
La doctrina remonstrante se resumió en 1621 en una confessio escrita por Episcopius, su gran teólogo, mientras que Jan Uytenbogaert les dio un catecismo y reguló el orden eclesiástico.
Su seminario en Ámsterdam ha formado a muchos nombres ilustres: Curcellaeus, Limborch, Wetstein, Le Clerc; y su liberal escuela de teología, que naturalmente se hizo más liberal e incluso racionalista con el tiempo, reaccionó con fuerza contra la iglesia estatal y contra otras denominaciones cristianas.