La relación se estableció oficialmente en 1908, solo interrumpido entre 1942 y 1954 con la Segunda Guerra Mundial.

[2]​ Según la embajada colombiana en Japón, las relaciones comerciales entre los dos países son cada vez más dinámicas.

[3]​ Los productos japoneses exportados a Colombia son principalmente vehículos ensamblados, autopartes, cámaras de video y dispositivos de comunicación, mientras que los productos colombianos exportados a Japón eran en su mayoría café, granos, níquel y esmeraldas, Pieles exóticas de reptiles y chocolate.

Más recientemente, las flores y productos de cuero también se han exportado.

Para los productores colombianos, por otro lado, exportar resultados es muy costoso para enviar más productos a Japón cuando otros países vecinos representan mercados más eficientes en costos y tienen menos restricciones económicas.