Previa a la existencia del Regimiento "Atacama", ya se había organizado un batallón de la misma arma con el mismo nombre en 1898 tras la disolución del Batallón de Ingenieros, que fue creado por el bando congresista para su fuerzas en la guerra civil, en 1897.
Tras el golpe de Estado y bajo el mando del teniente coronel Óscar Haag Blaschke, el regimiento comienza a funcionar como centro de detención e interrogatorios.
Arellano Stark mantuvo una reunión privada con tenientes del regimiento, instruyendo que trece prisioneros debían de ser fusilados, cuatro se hallaban en una lista traída por el general, mientras que los restantes fueron elegidos al azar.
Para encubrir las ejecuciones, el teniente coronel Haag ordenó redactar un parte indicando que los prisioneros murieron tras un intento de fuga mientras eran trasportados a la cárcel de La Serena.
Actualmente se encuentra agregado a la Brigada Motorizada N° 1 "Calama" como el Batallón de Ingenieros N° 1 "Atacama".