En el caso de conservación cruzada entre especies, indica que una secuencia particular podría haber sido mantenida por la evolución a pesar de la especiación.
Esto asegura que, en un árbol filogenético, se encuentra con mayor frecuencia una región en particular cuanto más altamente conservada está (también se utiliza la expresión regiones conservadas).
Es ampliamente aceptado que una mutación en una región "altamente conservada" conduce a una forma de vida no viable, o una forma que es eliminada a través de selección natural.
La secuencia promotor "caja TATA" es un ejemplo de una región o secuencia altamente conservada del ADN, que se encuentra en la mayoría de los eucariotas.
De esta forma, el análisis comparativo es el método primario mediante el cual se identifican los elementos funcionales.