Clustal

[1]​ Se han desarrollado diferentes variaciones del software Clustal, los cuales se enumeran a continuación: Este programa acepta un amplio rango de formatos de entrada.Otras opciones son "Do Alignment from guide tree" ("Hacer el alienamiento con el árbol guía") y "Produce guide tree only" ("Sólo producir el árbol guía).Los usuarios pueden alinear las secuencias usando las configuraciones por defecto, pero ocasionalmente es más útil personalizar los parámetros.Los principales parámetros son la penalización por abrir huecos ("gaps") y por extenderlos.Una versión basada en FPGA del algoritmo ClustalW es ofrecida por Progeniq, mostrando ser 20 veces más veloz que otras implementaciones.