La Sociedad fue fundada por el filólogo Josef Dobrovský, el historiador Gelasius Dobner y el matemático y fundador del Observatorio de la Universidad de Praga, Joseph Stepling.
En 1861-1863 Jan Evangelista Purkyně propuso en su tratado Academia el establecimiento de una institución científica autónoma y no vinculada con universidad alguna que representara las principales áreas del saber científico de entonces.
También se procuraron unidades más pequeñas de investigación, así como apoyo financiero y becas.
Tras la fundación de la República Checoslovaca independiente en 1918 se establecieron otras instituciones científicas, tales como la Academia Masaryk del Trabajo, e institutos estatales autónomos como los Institutos Eslavos, Orientales y Arqueológicos.
Con la llegada al poder de un régimen totalitario en Checoslovaquia en 1948, se disolvieron todas las instituciones científicas no vinculadas a las universidades, y en su lugar se fundó la Academia Checoslovaca de las Ciencias.