Fue fundado en 1606 y fue el primero de América del Sur.

Se construyó a iniciativa de Elvira de Padilla y Pimentel, de la misma ciudad, quien habiendo conocido los escritos de Teresa de Jesús quiso fundar un monasterio en su ciudad; para ello donó su casa y sus propiedades, y se convirtió en la primera carmelita descalza del Nuevo Reino de Granada.

Con Elvira ingresaron dos de sus hijas, dos sobrinas y otras jóvenes distinguidas la ciudad.

En 1863 la comunidad tuvo que salir en exilio por orden del general Tomás Cipriano de Mosquera; unas monjas se refugiaron en el Carmelo de La Habana, Cuba, mientras que otras fueron a Consuegra, España.

En 1873 se restauró el monasterio con el regreso de algunas de ellas al centro de la ciudad, hasta instalarse en 1931 en Chapinero y finalmente, en 1973, en Usaquén.