La historia deL Real Jardín Botánico hunde sus raíces en una fecha tan lejana como 1371 en la que el rey Wickramabahu III ascendió al trono y trasladó la corte a Peradeniya cerca del río Mahaweli.
En 1810 por consejo de Sir Joseph Banks se abrió un jardín denominado como Kew en Slave island y designaron a William Kerr como su superintendente.
William Kerr murió en 1814 y bajo el mandato de su sucesor Alexander Moon el jardín finalmente fue trasladado a Peradeniya en 1821 como el lugar más idóneo para establecer esta institución.
Durante el mandato de Alexander Moon se desbrozó una parte del terreno actual plantando cinamomo y café.
Durante el mandato de Macmillan los jardines fueron mejorados y el trabajo ampliado, publicó su gran obra "a Hand Book of Tropical Planting and Gardening".