[1] El convento se fundó por mandato de Felipe IV.
Según tradición popular, lo hizo como resultado de un agravio que cometió la comunidad judía a un crucifijo ubicado en la zona (el denominado Crucifijo de la Paciencia).
[1][3] Uno de sus fundadores fue el predicador capuchino fray Mateo Anguiano Nieva y su nombre completo fue "Real Convento de la Paciencia de Cristo, de Menores Capuchinos de nuestro Seráfico Padre San Francisco".
La iglesia y el convento quedaron muy dañados durante las Guerras Napoleónicas,[4] siendo derribado todo el conjunto con la desamortización en 1837.
El solar resultante se convirtió en la antigua plaza de Bilbao en honor a la defensa de la población vizcaína por las fuerzas leales a Isabel II en la primera guerra carlista.