Posteriormente tras la reorganización de la Corporación en 1867, se instaló en el palacio de los Colarte.Tras la reconstitución en el siglo XXI, su primera sede fueron las dependencias del Archivo Histórico Municipal de Antequera, en el antiguo pósito municipal, construcción comenzada durante la segunda mitad del siglo XVI.
En el 2011 pasó a un inmueble cedido por el Ayuntamiento de Antequera en la calle del Barrero nº10.
La primera restauración tuvo lugar en 1794, propiciada por Agustín Guajardo Fajardo y Contreras, representante de la corona en Antequera.
También tuvo una trayectoria efímera, ya que fue clausurada en 1799, pero impartió clases a un numeroso grupo de estudiantes.
Varios proyectos de reapertura se definieron a lo largo del siglo XIX, aunque ninguno de ellos logró la implantación sólida de la academia hasta su definitiva reconstitución en 2010 por iniciativa del poeta antequerano José Antonio Muñoz Rojas, el historiador Antonio Parejo Barranco y el arqueólogo conservador del patrimonio Bartolomé Ruiz Gonzalez.