Al pasar Cuba a manos estadounidenses en 1899, la academia pierde el calificativo de Real.
En 1959 triunfa la Revolución cubana, y se crea en 1962 la Comisión Nacional para la Academia de Ciencias de Cuba, con lo que adquiere un carácter nacional, puesto que con anterioridad la mayor parte de su trabajo se desarrollaba solamente en la capital.
En 1976 al proclamarse la Constitución Socialista, la academia quedó establecida como un organismo administrativo con carácter de Instituto Nacional, en 1980 adquiere carácter ministerial.
En 1996 se establece una diferenciación especial para la academia dándole un sistema selectivo para escoger a los mejores científicos de la isla.
La academia tiene varios objetivos primordiales dentro del desarrollo económico de la nación, como son: contribuir con la divulgación científica nacional e internacionalmente, valorizar la investigación científica y ayudar a la protección del medio ambiente.