[1]​ Desde el seminario se opuso al Concilio Vaticano II, siendo defensor de la misa en latín.

[2]​ Después de su ordenación, regresó a La Crosse para ejercer como rector asociado en la Catedral de San José Obrero y enseñar religión en la Aquinas High School.

En 1980 es enviado de nuevo a la Pontificia Universidad Gregoriana de Roma, donde obtiene la licenciatura (título equivalente a máster) en derecho canónico en 1982 y el doctorado, también en derecho canónico, en 1984.

Burke también ha criticado públicamente la exhortación apostólica Amoris Laetitia, en particular la nota 351 que planteaba la posibilidad de que los divorciados vueltos a casar pudiesen comulgar,[13]​[14]​[15]​[16]​ Burke y otros tres cardenales presentaron una serie de preguntas al Papa Francisco con el fin de clarificar dicha postura, denominadas dubia que tras dos meses sin respuesta fueron publicadas.

causó controversia por ser una figura muy cercana al presidente Donald Trump, con quien comparte teorías negacionistas sobre el coronavirus.