El juego sigue a Ratchet y Clank, junto con la recién llegada Angela Cross, mientras intentan desentrañar una conspiración en una nueva galaxia que involucra un misterioso "proyecto favorito" orquestado por la sombría MegaCorp.
Going Commando se lanzó aproximadamente un año después del juego original y recibió elogios de la crítica.
Después de hacerse famosos tras la derrota del Presidente Drek, Ratchet y Clank empezaron aparecer en programas, revistas, etc.
Ratchet, Clank y Ángela viajan a Yeedil para terminar con la protomascota, pero en ese momento aparece Fizzwidget revelándose como el mismísimo Capitán Qwark, que les cuenta su plan de crear un experimento diabólico y después salvar a la galaxia Bogon de él para retomar su popularidad.
Una vez que has ido, vuelve al planeta Boldan y ve a donde estaba el nanosubidón anterior.