Más recientemente, se ha considerado que ambas aves deben ser clasificadas en Columbidae, con frecuencia bajo la subfamilia Raphinae.

La primera persona en sugerir una cercana afinidad con las palomas fue Johannes Theodor Reinhardt, cuyas opiniones fueron apoyadas por Hugh Edwin Strickland y Alexander Gordon Melville.

Sorprendentemente, los rafinos no son los colúmbidos más primitivos, en realidad se agrupan junto con la paloma de Nicobar como su pariente vivo más cercano, siendo otros parientes cercanos las guras y la paloma manumea.

Un tercer rafino, Raphus solitarius, es considerado ahora como un ibis del género Threskiornis.

Una fecha común para la extinción del dodo es 1662, aunque hay posibles avistamientos tan tardíos como 1688.

El último avistamiento con una descripción fue en 1662, pero un análisis estadístico realizado por Roberts y Solow encontró que la extinción del dodo debió producirse en 1693.

[4]​ Históricamente, el dodo fue asignando al género Didus, ahora un sinónimo más moderno de Raphus.

[3]​ En 1848, se incluyó a una nueva especie dentro de este género obsoleto, D. nazarenus por Hugh Edwin Strickland y Alexander Gordon Melville.

[5]​ En 1811, Johann Karl Wilhelm Illiger creó una nueva familia para el género Didus.

Él la denominó Inepti, y en esta incluyó solo a Didus ineptus, ahora un sinónimo de Raphus cucullatus.

[2]​ Los rafinos son a veces separados como una familia distinta denominada Raphidae, y sus afinidades fueron por mucho tiempo inciertas.

Sin embargo, los datos osteológicos y moleculares concuerdan en que lo más apropiado es colocarlos dentro de Columbidae.

[10]​ Se han propuesto muchas afinidades diferentes para el dodo, incluyendo que fuera un pequeño avestruz, un rállido, un albatros o un buitre.

[15]​ Goura victoria Caloenas nicobarica Pezophaps solitaria Raphus cucullatus Didunculus strigirostris Un cladograma parecido fue publicado en 2007, aunque invirtiendo la posición de Goura y Didunculus e incluyendo a la paloma faisán y a la paloma terrestre de pico grueso en la base del clado.

[17]​ Por muchos años el dodo y el solitario de Rodrigues fueron situados en su propia familia, Raphidae (anteriormente Dididae), debido a que sus relaciones precisas con otras palomas no podían ser resueltas.

[26]​ Como no hay especímenes completos del dodo, su apariencia externa, como el plumaje y la coloración, son difíciles de determinar.

[38]​ Una banda negra (una descripción contemporánea la describe como una "diadema"[nota 5]​ aparecía en su cabeza justo por detrás de la base del pico.

[26]​ Aunque las palomas macho generalmente son más grandes que las hembras, no hay evidencia directa de que los especímenes mayores sean el macho de la especie, y esto solo se supuso en los primeros documentos.

[39]​ Poco se conoce sobre el comportamiento del dodo, debido a que muchas de las descripciones contemporáneas son muy breves.

[39]​ Las observaciones del solitario de Rodrigues en vida indican que eran animales sumamente territoriales.

Probablemente establecían disputas al golpearse entre sí con sus alas; para ayudar a este propósito, ellos usaban los "puños" en sus muñecas.

[42]​ Pero en todas las aves modernas que poseen protuberancias o espinas en los carpos, están son usadas como armas sin excepción.

Esta carencia de miedo y su incapacidad para volar convertían al dodo en una presa fácil para los marineros.

Tras buscar por 18 meses y ofrecer grandes recompensas, no pudo hallar ninguno.