[1] Jugó para los Yankees de Tampa en la Florida State League Clase A y para Trenton Thunder de la Eastern League Clase AA esa temporada y en 2006.
[2] En 2009, Peña entró en el roster del Día Inaugural, superando a Ángel Berroa para ser el jugador de cuadro utilitario.
[6] Peña fue retirado en septiembre cuando se ampliaron las plantillas.
[9] Los Yankees luego derrotaron a los Filis de Filadelfia en 6 juegos.
Peña ingresó a la temporada 2010 como campocorto suplente y jugador de cuadro utilitario del equipo.
[10] Permaneció con el club de Grandes Ligas todo el año, pero sólo logró batear .227/.258/.247, una de las peores temporadas ofensivas en la historia del equipo.
[14] Fue llamado nuevamente en junio cuando Derek Jeter entró en la Lista de Discapacitados.
[15] Durante este tiempo, cometió tres errores en un juego contra los Cincinnati Reds el 22 de junio.
[20] Luego de la temporada 2012, Peña se convirtió en agente libre.
[25] Peña rechazó la asignación y eligió la agencia libre.