Rafferty soportó batallas con la industria de la música (en una ocasión le llevó tres años deshacer contratos) y un problema con el alcohol.

Se divorció de su esposa Carla, a quien conoció en un salón de baile cuando ella tenía 15 años y se casó cinco años después, en 1970.

Nunca lo habría dejado si hubiera habido un atisbo de amor".

En los últimos años, era más conocido por incidentes provocados por el alcohol, aparentes desapariciones y mala salud que por su música.

Su familia dijo que murió pacíficamente la mañana del martes 4 de enero de 2011, en su casa, con su hija Martha, según informó a la BBC Paul Charles, su agente.