Sus padres fueron Benjamín Fontecilla Adrover y Margarita Riquelme Hermosilla.
Egresó del Liceo de Aplicación en 1908.
Luego estudió derecho en la Universidad de Chile titulándose en 1914.
Contrajo matrimonio con Ana Rosa Romero Rivera, con la cual tuvo dos hijos.
Ana Rosa falleció prematuramente y Rafael volvió a contraer matrimonio con Aída Concepción Laso Correa en 1950.