Fue electo diputado por el distrito Capital en el año 1998, siendo posteriormente reelecto en las elecciones del 2003.En las elecciones del 2008 su partido político formó parte de la Alianza Patriótica Para el Cambio, que llevó al poder a Fernando Lugo, mientras tanto Rafael Filizzola era electo como senador de la república.[2][3] Filizzola se unió a Efraín Alegre, para conformar una chapa presidencial, para las elecciones llamadas urnas delivery, que se realizarían dentro del Partido Liberal Radical Auténtico (PLRA), para consensuar al candidato que represente a dicha agrupación política.La realización de dichas urnas fue un rotundo fracaso, ya que no pudieron llegar a un acuerdo.Luego, tras la salida de Fernando Lugo del poder, y la toma de posesión por Federico Franco, perteneciente al PLRA, Blas Llano presidente del partido, renuncia a su candidatura presidenciable, y se une al equipo de Efraín Alegre.
Filizzola en la Cumbre de ministros del
Mercosur
, año 2010.
