Realizó clases en la Universidad de Chile entre los años 1981 y 1990, luego desde 1990 en la Facultad de Física de la Pontificia Universidad Católica de Chile, creada sólo 8 años antes, impartiendo las cátedras de Métodos para la Física Matemática I y II, y ocasionalmente de Física Cuántica I y II, aunque también ha dictado otros cursos para física y astronomía, cursos para ingeniería y cursos tutoriales para matemáticas.
Ha tenido seis estudiantes de doctorado, y varios estudiantes de licenciatura, magíster e investigadores postdoctorales.
[3] El jurado, según precisa el acta, decidió otorgar el premio a Rafael Benguria porque “reúne las condiciones de un científico integral, que ha logrado resultados profundos y de alto impacto en varias disciplinas científicas como la física, las matemáticas y la química, incluyendo la mecánica cuántica, ecuaciones en derivadas parciales no lineales, geometría espectral y en análisis matemático del movimiento browniano”.
El jurado también reconoció su labor docente en planteles universitarios del país, aspecto que agradeció el académico porque “en lo más profundo de mi corazón pese a que las investigaciones son importantes, lo que más me ha dado satisfacción en la vida es haber enseñado a más de cinco mil alumnos”.
Al momento de recibir esta distinción agradeció a quienes ayudaron a su formación, en especial a la Universidad de Chile: "Soy ex alumno de la Universidad, pasé muy buenos años como estudiante y como profesor", dijo.