Sin embargo, debido al intenso bombeo de agua, tanto para la agricultura como para el consumo humano, el río permanece seco completamente durante varios años antes de llegar al río Gila.

En Tucsón, el río solo está presente en caso de fuertes lluvias que son muy raras en esa región semidesértica.

El cauce del río discurre hacia el sur hacia México para pasar a Santa Cruz en Sonora y luego girar hacia el oeste al sur de la Sierra de San Antonio cerca de Miguel Hidalgo (San Lázaro).

Desde aquí se dirige hacia el norte en dirección noreste para reingresar a los EE.

El río Santa Cruz por lo general es un cauce seco la mayor parte del años, a menos que las lluvias sean significativas.