El río es acompañado en todo su curso por una importante carretera transnacional, la ruta 97, tanto en la parte canadiense (BC 97) como en la estadounidense (US 97).
El río Okanogan nace nominalmente en el extremo sur del lago Okanagan del que es emisario, en el sur de la provincia canadiense de la Columbia Británica (donde se le conoce como río Okanagan) .
El río en este primer tramo está canalizado y discurre enteramente por la ciudad de Penticton (31 909 hab.
En la ribera occidental, y todavía en el lado canadiense, está la pequeña localidad de Osoyoos (4845 hab.
[9] Desde Oroville el Okanogan fluye hacia el sur a través del condado de Okanogan, en un corto tramo con un curso típico de llanura, con numerosos meandros y brazos abandonados, donde recibe por la izquierda a su principal afluente, que llega del noroeste, el río Similkameen (197 km).
Continua el río su avance hacia el sur, pasando por las pequeñas localidades de Omak (4845 hab.
El embalse detrás de Wells Dam, en el que desemboca el Okanagan, el lago Pateros, se finalizó en 1967.