Su longitud total es 379 km, y su cuenca drena una superficie de 17 400 km² (un poco mayor que Montenegro).

El río Nidym nace en la parte septentrional de la gran meseta Central de Siberia, en la sección llamada meseta Tunguska central.

No hay vegetación, excepto musgos, líquenes y algunas hierbas.

Al igual que todos los ríos siberianos, sufre largos períodos de heladas (seis/siete meses al año, desde finales de octubre a mayo), y amplias extensiones de suelo permanecen permanentemente congeladas en profundidad.

Al llegar la época estival, como se deshielan primero las zonas más al sur, el río inunda amplias zonas bajas próximas a sus riberas, y su nivel sube bastante.