Este río fluye desde el lado oriental del macizo de Waterberg hacia el noreste a través de una amplia llanura inundada como el río Nyl.

Luego fluye por la provincia de Limpopo hasta unirse a la orilla derecha del río Limpopo en la frontera entre Sudáfrica y Botsuana.

[1]​ La cuenca del Mogalakwena se ve afectada por un ciclo de lluvias de cinco años en el que el río está prácticamente seco durante cinco años, seguido de otros cinco años en los que hay suficiente caudal de agua.

La mayor concentración de hipopótamos en el río Limpopo se encuentra entre los ríos Mokolo y Mogalakwena.

[3]​ El tramo superior o más meridional del río Mogalakwena es el río Nyl, conocido por su amplia llanura de inundación, también conocida como Nyl pan (afrikáans: Nylsvlei).