Si se considera con su fuente más lejana (el río Little Minnesota, de 114,9 km, que desagua en el lago Big Stone), el sistema Minnesota–lago Big Stone–río Little Minnesota supera los 690 km.

En 1699, el comerciante de pieles francés Pierre-Charles Le Sueur estaba con un grupo que remontó el río Misisipí desde Biloxi hasta el «país de los Nadouessioux», deteniéndose para pasar el invierno en la isla Pelée o Fort Perrot, en el lago Pepin.

Siguió río arriba el Misisipí hasta las cataratas de San Antonio, descubiertas unos años antes por Louis Hennepin.

Después de comerciar en el verano y otoño de 1700 con las bandas locales dakota del área (los mdewankantons, wahpetons y wahpekutes), Le Sueur y un grupo de 20 hombres fueron más allá hasta el río conocido por la población nativa como «minisota», o «nube reflejada en el agua».

Históricamente, el río también fue conocido por los voyageurs franceses posteriores como «rivière de Saint Pierre».