El lago Dood-Nuur es alimentado por numerosos afluentes que vienen de las montañas del entorno.

Tras haber recorrido un centenar de kilómetros y recibir numerosos afluentes, franquea la frontera rusa en Ush-Bel'Dyr.

Los principales afluentes del Mali Yeniséi son: El Mali Yeniséi permanece bajo el hielo seis meses al año, generalmente de noviembre a abril.

El caudal del Mali Yeniséi ha sido observado durante 23 años (1974-1999) en la estación hidrométrica de Kyzyl, localidad situada a la altura de su confluencia con el Bolshói Yeniséi.

A lo largo del verano el caudal baja progresivamente aunque se mantiene bastante elevado.