El río permanece helado durante seis meses, normalmente de noviembre a abril.
El caudal del Bolshói Yeniséi ha sido observado durante 41 años (durante el período 1956-1999 en Kara-Jak, localidad situada a unos 20 km de su confluencia con el Mali Yeniséi y a 634 m de altitud.
Esta bajada disminuye lentamente hasta principios del invierno, que empieza en noviembre.
Ese mes el caudal cae fuertemente, iniciándose así la temporada de estiaje, ligado al invierno siberiano y a sus importantes heladas, que duran de noviembre a abril.
Caudales medios mensuales del Bolshói Yeniséi (en m³/s) medidos en la estación hidrométrica de Kara-Jak Datos calculados en 41 años