Es el principal afluente en Afganistán del río Amu Daria y discurre principalmente por la provincia de Badajshán y también por la de Takhar.El Kokcha corre siguiendo la dirección general de sureste a noroeste.[1] Sus dos principales afluentes son el río Warduj, que desemboca en el Kokcha poco después de la ciudad de Baharak, y el río Kichim.La cuenca vertiente del Kokcha está formada principalmente por montañas en el 60% de su superficie.[2] El caudal del Kokcha se observó durante 3 años (1964-1966) en Khajaghar o Khwaja Ghar, que se encuentra justo antes de la confluencia del río con el Amu Daria.