El río John Day no tiene ningún embalse ni presa a lo largo de todo su curso, siendo el segundo río más largo de todos los que fluyen libremente en los Estados Unidos contiguos.El principal ramal del río John Day nace en las montañas Strawberry («Strawberry Mountains»), en la zona suroriental del condado de Grant y este ramal, y sus otros tres ramales principales, tiene sus fuentes en diferentes partes del bosque nacional Malheur («Malheur National Forest»).El ramal principal corre inicialmente en dirección norte, y llega al valle John Day, donde gira hacia el oeste y llega a las dos principales localidades que atravesará en todo su curso, las pequeñas Prairie City (1080 hab.Desde Prairie City, el río sigue paralelo a la carretera estatal Oregon Route 19, entrando en un estrecho valle que sigue en la misma dirección oeste, hasta llegar a Dayville (138 hab.), en el oeste del condado de Grant, donde se une al ramal Sur («South Fork John Day River») (87 km).Luego fluye hacia el Norte, acompañándole en este tramo la carretera estatal Oregon Route 19, a través de la garganta Picture («Picture Gorge») y pasa por la unidad Sheep Rock del monumento nacional John Day Fossil Beds («John Day Fossil Beds National Monument»), declarado en 1974.El río John Day es navegable por pequeñas balsas y otras embarcaciones fluviales.
El río John Day a su paso por Sheep Rock, en el monumento nacional John Day Fossil Beds.
Boca del río John Day en el río Columbia, atravesado por un puente de ferrocarril.
La presa John Day, en el río Columbia, localizada a unos
3 km
aguas abajo de la desembocadura del río John Day.
