El Salvador y Honduras han mantenido una disputa limítrofe acerca del río.

El caso fue presentado ante la Corte Internacional de Justicia.

Sus sentencias de 1992 y 2003 confirmaron el curso actual del río como frontera entre ambos países.

[4]​ Debido a las características geológicas e hidrológicas del Río Goascorán, en sus aguas existen diferentes tipos de hábitats.

Por ejemplo, cuenta con fondos rocosos con corrientes rápidas, sedimentos blandos, troncos hundidos, vegetación sumergida y riparia, que son afectados por las lluvias.