Presenta una altitud de 1220 m.s.n.m siendo tributario del río San Miguel.
El arroyo nace en la vertiente oriental de la cordillera de Vilcabamba en Cuzco, desarrollándose en plena selva alta con un clima subtropical y una abundante vegetación, con una longitud de 19.73 kilómetros.
[2] La cuenca del Urubamba presenta depósitos aluviales del Cuaternario Holocánico , del tipo cono, que están adosados a la desembocadura de las quebradas principales.Estos depósitos se encuentran conformados por grandes bloques y gravas de rocas intrusivas como calizas, cuarcitas, pizarras y gneis; envueltos por una matriz areno-arcillosa.
El río Chontamayo representa uno de estos depósitos,compuesto principalmente de rocas intrusivas; el cual forma parte del suroeste de la zona geológica identificada como el cuadrángulo de Chuanquiri,donde estos se caracterizan por abarcar grandes áreas.
Además el río en que desemboca,San Miguel, también se caracteriza por presentar importantes depósitos de rocas de la misma naturaleza.