[2]​ En su cauce natural, los ríos Caney, Mefán Caña, Yarayabo y varios arroyos como Los Guaos y Las Tusas son afluentes del río Cauto, el cual desemboca en el golfo de Guacanayabo.

La cuenca del Cauto actualmente, está sometida a numerosos proyectos, encabezados por el gobierno cubano, contra la contaminación y la sequía presentes por el uso irracional de sus recursos durante años.

Debido al uso irracional de los recursos naturales que dispuso el río Cauto, junto con algunos factores climáticos, han hecho que el río Cauto haya disminuido la flora y fauna que habitan en el entorno natural de este afluente.

Como un factor ambiental se coloca los altos índices de radiación solar e insolación que llegan a Cuba, siendo afectado por el efecto de la evaporación, que en el río Cauto llega hasta los 2300 milímetros.

En el año 1959, el gobierno cubano ha buscado mejorar el ecosistema que se encuentra presente en el río, creando instituciones gubernamentales que se encargan de la manutención de las leyes y llevar un constante monitoreo de la situación del río.