[6]​[7]​ El arroyo Elliot comienza cerca del pico Dutchman, en Oregón, antes de desembocar en el suroeste de California, corriendo más o menos en paralelo a la frontera.

Desde la presa Applegate, el río fluye hacia el norte, ligeramente este.

[11]​ Varios kilómetros después del puente McKee está la confluencia con el río Little Applegate (de 34 km).

Dos importantes afluentes del río le abordan en este tramo por la margen derecha, llegando ambos desde el sur, los arroyos Thompson y Williams.

Fluye a través de Williams, también llamada así por el capitán.

[7]​ El río desemboca en el río Rogue 9,7 km al oeste de Grants Pass, justo por encima del inicio de la sección del Rogue declarada Wild and Scenic.

El 20% es de propiedad privada, mientras que el 10% restante son bosques comerciales.