Está supeditada al Mando Central de los Estados Unidos, y su actual comandante es el vicealmirante John W.

[1]​ La Quinta Flota fue establecida inicialmente el 26 de abril de 1944 comandada por el Almirante Raymond Spruance y asignada al Comando del Pacífico Central.

El almirante William F. Halsey, como comandante de la Tercera Flota, y Spruance alternarían el mando de la Gran Flota Azul en las diversas operaciones navales, este hecho permitía al otro almirante y a su personal prepararse para el subsiguiente.

Debido a que esta organización estaba insuficientemente equipada para manejar operaciones de combate a gran escala, se asignó a la Séptima Flota de los Estados Unidos, generalmente establecida en Japón, el mando de todas las operaciones y de todas las unidades, durante ese periodo.

[3]​ Relación de las Task Force que componen la Quinta Flota y su misión.