[2]​ Al principio los síntomas son leves y las amebas colonizan únicamente la parte más superficial de la córnea o epitelio.

Poco a poco el proceso empeora y los microorganismos invaden capas más profundas de la córnea, produciendo úlceras en la misma que se acompañan de síntomas llamativos como dolor en el ojo, lagrimeo, fotofobia y enrojecimiento ocular.

En caso de que no se observen Acanthamoeba , debe procederse a realizar un cultivo en medios especiales que debe observarse periódicamente durante al menos 6 semanas, pues a veces se demora ese tiempo la proliferación de los protozoos en número suficiente para ser visibles.

El baño con las lentillas puestas supone un grave riesgo para la salud ocular y debe evitarse a toda costa.

Ambos se aplican en forma de gotas directamente sobre el polo anterior del ojo con la frecuencia recomendada por el médico.